Czas II wojny światowej był najbardziej dramatycznym okresem dla cmentarza. W 1941r. zaczynało brakować miejsc dla pochówków. Podjęto starania o przyłączenie do cmentarza poligonu, który znajdowała się naprzeciw koszar przy ul.Ku Słońcu lecz władze wojskowe odmówiły.

Nie zdołano też przyłączyć cmentarza wojskowego przy obecnej drugiej bramie, udało się jedynie dokupić niewielki teren przy wiatraku od strony ul.Mieszka I.

20 września 1941r. cmentarz stał się jednym z celów nalotu alianckiego. Trwał on dwie i pół godziny. Zniszczona została wtedy brama główna i budynek administracji, spłonęła cała dokumentacja. Noc z 20 na 21 kwietnia 1943r. była równie tragiczna gdyż zniszczona została kaplica pogrzebowa przy ul.Leszczynowej. Rok 1944 był najtragiczniejszy. W czasie nalotu w noc z 5 na 6 stycznia Spalił się obóz mieszkalny przy ul.Ku Słońcu. Zabitych w tych nalotach chowano głównie na Cmentarzu Centralnym.

Po nalocie z 13 maja 1944r. pochowano 125 osób. Po nalocie w noc z 17 na 18 sierpnia  1944r. w Szczecinie, jak oszacowano zginęło 1100 osób, do pochowania tych osób zabrakło w mieście trumien. W następnym nalocie w nocy z 29 na 30 sierpnia 1944r. zginęło ok. 1300 osób. Ogółem po tych dywanowych nalotach w 1944r. na Cmentarzu Centralnym pochowano 1863 osoby. Do kopania grobów zostało skierowanych 400 jeńcyw radzieckich. Zwłoki palono również w krematorium. Pod koniec wojny w krematorium palono również zwłoki polskich robotników przymusowych, którzy zmarli w obozie karnym w Policach. Zabitych chowano głównie w najnowszej części cmentarza, przy alei Zachodniej. Na terenie kwatery 82 w latach osiemdziesiątych natrafiono na zbiorowe mogiły. W czasie wojny planowano nawet usypanie kopca z gruzów, który by upamiętniał ofiary bombardowań. Pamięć tragedii po pół wieku uległa w powojennym Szczecinie zatarciu.

foto:www.sedina.pl